Lille Blåkilde er den største af kilderne i Rold Skovområdet. Dens vandføring er ca. 90 l/s (70-110 l/s), og den afvander et område på 10-12 km2.
Kilden er en blanding af en sumpkilde og en strømkilde. Vandet strømmer ud gennem flere små kratere – ofte med kalkbund, blandt andet lige under de store sten øverst i kilden ved stien. Kildens afløb findes ca. 70 m fra Lindenborg Å.
I kilden findes blandt andet liden vandaks og spinkel vandaks. På kalkskrænterne, lige ovenfor kilden, findes en interessant kalkflora med blandt andet nøgleklokke, smalbladet klokke, bitter mælkeurt, bibernelle, liden snerre, vildtimian, smalbægret ensian og læge-baldrian. På vældengen, i nærheden af kilden, findes top-star, maj gøgeurt og kødfarvet gøgeurt.

Området er fredet, og opgravning af planter er ikke tilladt.

Kildens mest berømte beboer er et levn fra istiden. Det er vårfluelarven Apatania Muliebris. Arten findes i vandløb ved ishavets kyster, samt i Norges og Alpernes stride bjergbække. Den burde ikke forekomme under vores klimaforhold, da den ikke tåler de høje sommertemperaturer, der normalt er i danske vandløb, for arten går til grunde, hvis vandets temperatur gennem længere tid overstiger 10 grader. Lille Blåkildes temperatur holder sig på 7,5 grader året rundt, så vandet når derfor ikke den kritiske højde.
Apatania Muliebris blev første gang påvist i 1930 af dr. Phil. Anker Nielsen, Københavns Zoologiske Museum. Det har senere vist sig, at der findes nærtstående arter i kilden – Apatania cimbria og Apatania intermedia – som ikke er påvist andre steder i verden. Disse arter er sandsynligvis opstået som mutationer og har udviklet sig særskilt, men dette er endnu ikke afklaret.
Man har endnu ikke fundet hanner af vårfluelarverne, hvilket peger mod jomfrufødsel.
Ved udløbet i Lindenborg Å kan man i maj måned ofte finde mange lampretter (fisk) fastsuget i jorden.

I henhold til fredningen er det strengt forbudt at indsamle dyr og vade i kilden.

Det vides ikke, om kilden har haft religiøs betydning i oldtiden. Få hundrede meter syd for kilden findes rester af en oldtidsvej, så det er sikkert, at der har været menneskelig aktivitet i nærheden af kilden. Oldtidsvejen fører gennem skoven og ud til ådalen og har et vadested, der stadig kan spores syd for Lille Blåkildes udløb i Lindenborg Å.
I 1930 var kilden på private hænder, men pga. den særlig fauna pressede man i videnskabelige kredse på for at få den fredet. Først i 1964 lykkedes det staten at erhverve kilden og de omliggende arealer, og området blev straks totalfredet.